João Fonseca é colaborador e membro do IFILNOVA desde 1993, tendo participado em diversos projetos de investigação. Publicou vários artigos e deu palestras em diversas conferências internacionais. Atualmente, na Filosofia da Neurociência, as suas principais linhas de investigação são o desenvolvimento de uma estrutura semântica para a neurociência comportamental a partir da qual algumas questões podem ser respondidas de maneira original (tais como: qual é a natureza das generalizações nas neurociências comportamentais, as ligações entre a psicologia e a neurociência, a questão dos tipos naturais na neurociência comportamental ou o estatuto e o papel da realização múltipla como regra heurística no raciocínio científico). Na Ciência Cognitiva, tem desenvolvido uma sugestão para “dividir” a noção de “Core-Self” em dois conceitos mais fundamentais: “Core-Self simpliciter” e “Core-Self Cognitivo”. Esta investigação mobiliza resultados empíricos sobre tópicos como imagem corporal e esquema corporal, processamento preditivo neuronal, a base neuronal de ilusões corporais como as experiências “out-of-body” e “full-body illusions”. Na Filosofia da Mente, está atualmente a desenvolver uma prova formal do “relativismo de 1.ª/3.ª pessoa” e a avaliar as consequências drásticas de tal relativismo para tópicos como o explanatory gap, o hard problem, a causalidade mental e o projeto dos correlatos neuronais de consciência.