José Fernandes é licenciado em Economia pela Universidade de Coimbra. É também pós-graduado em Ciência Política e Relações Internacionais e mestre em Filosofia pela Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade NOVA de Lisboa, tendo concluído uma tese de mestrado sobre a fenomenologia da intersubjetividade em Husserl.

Ao longo da sua carreira, desempenhou vários cargos em empresas e instituições relacionadas com a formação, consultoria, e implementação de projetos europeus transnacionais na área da educação.

Atualmente, é doutorando com uma bolsa da FCT (Fundação para a Ciência e a Tecnologia), orientado pelo Professor António de Castro Caeiro.  O seu projeto incide sobre a fenomenologia do mundo digital e a sua relação com o outro. As suas áreas de interesse incluem a fenomenologia clássica, a filosofia social, a filosofia da tecnologia, especialmente a influência do mundo digital na nossa sociedade, e a filosofia japonesa, nomeadamente a ontologia tecnológica de Kiyoshi Miki e a Escola de Filosofia de Quioto.